Trung tâm Giám định Y khoa Giao thông vận tải là cơ quan thường trực của Hội đồng Giám định Y khoa Bộ Giao thông vận tải, có chức năng tham mưu cho Cục trưởng Cục Y tế Giao thông vận tải về công tác khám Giám định Y khoa và tổ chức thực hiện các hoạt động giám định y khoa trong Ngành Giao thông vận tải.
Khám giám định lần đầu cho lao động hoặc thân nhân người lao động (đối với các trường hợp khám để thực hiện chế độ tử tuất; khám giám định tài phát, khám giám định tổng hợp cho người lao động ở các đơn vị thuộc Bộ Giao thông vận tải quản lý; Tổ chức khám phát hiện bệnh nghề nghiệp, khám sức khỏe định kỳ, khám tuyển lao động; Khám phúc tuyến cho các đối tượng theo quy định của Bộ Y tế và Viện Giám định y khoa; Giám định và kết luận những trường hợp có khiếu nại của các đơn vị thuộc Bộ Giao thông vận tải; Hướng dẫn và đề nghị các đơn vị thuộc Bộ Giao thông vận tải sử dụng người lao động vào ngành nghề phù hợp với khả năng lao động còn lại; Thăm khám sức khỏe tuyển dụng các đối tượng vào các ngành nghề đặc biệt nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm thuộc Bộ Giao thông vận tải.
